Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığının Teşkilat Ve Görevleri Hakkında Kanun, 29/05/2009 tarihli Meclis Genel Kurulunda kabul edilmiştir. Kanunun geçici 2. maddesiyle, Kanunun yayımını takip eden altı ay içinde Başkan atanacağı, kanunun yürürlük tarihinden itibaren bir yılı geçmemek üzere de, Başkanlığın faaliyete geçtiğine dair Afet ve Acil Durum Yüksek Kurulu kararıyla birlikte, Türkiye Acil Durum Yönetimi Genel Müdürlüğü, Afet İşleri Genel Müdürlüğü ve Sivil Savunma Genel Müdürlüğü kaldırılacağı hükme bağlanmıştır.
Geçici 2. maddenin 2. fıkrası hükmü ise şu şekildedir:
"Kaldırılan Türkiye Acil Durum Yönetimi Genel Müdürlüğü, Sivil Savunma Genel Müdürlüğü ve Afet İşleri Genel Müdürlüğünde; Genel Müdür ve Genel Müdür Yardımcısı kadro unvanlı görevlerde bulunanların görevleri, Başkanlığın faaliyete geçtiği tarihte sona erer. Bunlar, bu Kanuna ekli (3) sayılı liste ile bulundukları bakanlığa ihdas edilen müşavir kadrolarına atanmış sayılırlar; ancak, bu kadrolar herhangi bir sebeple boşalması halinde hiçbir işleme gerek kalmaksızın iptal edilmiş sayılır"
Meclis Genel Kurulunda kabul edilmiş olan bu kanun, 03/06/2009 tarihinde onay için Cumhurbaşkanlığına sunulmuştur.
Ancak, bu süreç devam ederken bugün ilginç bir atama kararı yayımlanmıştır. 16 haziran 2009 tarihli Resmi gazetede yayımlanan atama kararına göre, bu kurumda daire başkanı olarak çalışan bir kişi genel müdür yardımcısı kadrosuna atanmıştır. Bu düzenlemedeki amaç, geçici 2. madde 2. fıkraya göre, ilginin müşavir kadrosuna atanması olarak görünmektedir.
Kaldırılacak bir kuruma, eğer mahkeme kararı gibi çok özel bir durum yok ise, sadece bir kişinin özlük haklarını iyileştirmek amacıyla, genel müdür yardımcısı atamak, etik olarak uygun değildir.