Balyoz iddianamesi soruşturması kapsamında savcılığa teslim edilen bazı belgelerin gizli olması sebebiyle Askeri savcılığın bu belgeleri istediği ortaya çıktı. Soruşturma savcılarının, askeri savcılığa vermediği askeri nitelikteki bu gizli belgelerin verilip verilmeyeceği hususunun mahkemenin takdirine bırakıldığı belirtildi.
İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen Balyoz iddianamesinde bu konu şöyle anlatıldı: "Her ne kadar askeri savcılık dosyada bulunan yazılarıyla soruşturmayla ilgisi olmayan sırf askeri nitelikteki bir takım gizli bilgi ve belgelerin kendilerine veya ilgili komutanlıklara teslimini daha önce Başsavcılığımızdan istemiş ise de kovuşturmanın aşamalarında davanın diğer taraflarını hatta belki de iddia makamlarındaki değişiklik nedeniyle iddia makamını temsil eden Cumhuriyet Savcısının hangi belgenin leh veya aleyhe olduğu inceleme talebi veya benzeri ne tür talepte bulunacağı bu aşamada bilinmediğinden gazeteci Mehmet Baransu'nun teslim ettiği tüm belgeler bu aşamada davayla ilgisi olmasa bile yine sırf gizli nitelikteki askeri bilgi ve belgeleri içerse bile o aşamada iadesine karar verilmemiş bu hususun takdiri mahkemenize bırakılmıştır. Yine özellikle bir kısım kişisel değerlendirmeleri içeren diğer belge ve dokümanların davanın diğer taraflarına verilip verilmeyeceği yine hangi şartla verileceği hususlarının takdiri de yine mahkemenizin takdirine bırakılmıştır."