Cumhuriyet Savcısı Bilal Bayraktar tarafından hazırlanan 58 sayfalık iddianamede 8 şüpheli yer alıyor. İstanbul 15. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilen iddianamede, Prof. Dr. Erhan Kansız, Prof. Dr. Cengiz Çeliker, Prof. Dr. Zerrin Yiğit, Prof. Dr. Hatice Sezer Karcıer ile Nazmi Gültekin, Erkan Özhun, Songül Arı ve Muhammet Hüsrev şüpheli olarak bulunuyor. Şüphelilerin, Ergenekon terör örgütüne yardım ve yataklık suçlamasıyla cezalandırılmaları isteniyor.
Haberal'ın İstanbul Üniversitesi Kardiyoloji Enstitüsü'nde kaldığı sırada, buradan taburcu olabileceğini gösteren sağlık raporunun mahkemeden gizlendiği iddia edilmişti. Konunun ortaya çıkması üzerine, enstitüdeki doktorların da aralarında bulunduğu kişiler hakkında soruşturma başlatılmıştı. Söz konusu hastanede yaklaşık 2 yıl kalan Haberal, daha sonra Adli Tıp Kurumu'nun cezaevinde kalabileceği yönündeki raporu üzerine cezaevine gönderilmişti.