Çağın büyük âlimlerinden biri olarak kabul edilen Ayte, uzun süredir Ankara'da özel bir hastanede kanser tedavisi görüyordu.
Nakşibendi Tarikatı'nın önde gelen isimlerinden olan Şeyh Nimetullah Ayte, Bitlis'in Mutki ilçesi Koyunlu beldesinde bulunan Oksin Medresesi'nde ders veriyordu. Ayte'nin vefatı sevenlerini ve talebelerini yasa boğdu.
Ayte'nin naaşı, doğduğu Mutki'nin Koyunlu beldesinde bugün ikindi vaktinde kılınacak cenaze namazının ardından aile mezarlığında toprağa verilecek.