Hali hazırdaki 663 sayılı KHK'nın 32. maddesinde; kurum başkanı ve genel sekreterlerin önemli yetkisi bulunmaktadır. Örneğin 81 ildeki genel sekreterler ile Kurum Başkanı sözleşme yapmaktadır. Yine genel sekreterlikteki başkan ve hastane yöneticisiyle de kurum başkanı sözleşme yapmaktadır. Meclis Genel Kurulunda 4 Aralık 2013 tarihinde yapılan görüşmelerde bu durum değiştirilmiştir. Yeni düzenlemeye göre, genel sekreter, başkan ve hastane yöneticisinin sözleşmeleri Bakan tarafından yapılacaktır.
Yine, şuanki durumda, uzman personel ile büro personelini genel sekreter işe almaktadır. Ancak 663 sayılı KHK'da yer alan bu hüküm değiştirilmiştir. Yeni hükme göre, uzman personel ve büro görevlilerinin sözleşmeleri Kurum Başkanı tarafından yapılacaktır. Yine aynı şekilde, Başhekim, başhekim yardımcısı, müdür, müdür yardımcısını sözleşmesini de kurum başkanı yapacaktır. Önceki düzenlemede başhekim yardımcıları ile müdür yardımcılarının sözleşmeleri hastane yönetici tarafından yapılmaktaydı.
Diğer taraftan son bir hüküm olarak şu konulmuştur: "Bakan ve Kurum Başkanı bu yetkilerini kısmen veya tamamen alt kademelere devredebilir."
Bu yetkinin devredilip devredilmeyeceği zaman içinde göreceğiz.
Ancak kabul edilen yeni düzenlemeyle, Bakanın, Bakanlıktaki siyasi ağırlığı
arttırılmış, kurum başkanının yetkileri azaltılmış, genel sekreterin ise personel
alımında hiçbir yetkisi kalmamıştır.