Dumanlı yaptığı yazılı açıklamada, "Son dönemde basına ve şahsıma uygulanan hukuksuz baskılar nedeniyle Genel Yayın Yönetmenliği görevimi yapamadığımı görüyorum. 2001'den beri hizmet vermeye gayret ettiğim Zaman Gazetesi'ne yeterince ve verimli şekilde katkı sağlayamadığımı, sağlığımın da artık buna el vermediğini düşünüyorum. Bu nedenle elimden geldiğince ve samimiyetle sürdürmeye gayret ettiğim genel yayın yönetmenliği görevimden istifa ediyorum. Özgür düşüncenin kalesi olan gazeteme ve bu gazetede görev yapan tüm arkadaşlarıma başarılar diliyorum. Onca sene içerisinde verdikleri eşsiz destekten dolayı okurlarımıza minnettarlığımı arz ederim" dedi.
Ekrem Dumanlı'dan boşalan Genel Yayın Yönetmenliği görevine Sayın Abdülhamit Bilici getirildi.
Ekrem Dumanlı her ne kadar istifa ettiğini belirtse de, gazeteciler bu durumu "Paralel örgütte istifa olmadığı için, bu bir görevden alma işlemidir" şeklinde yorumlamaktadır.