YÖK, İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü'ne gönderdiği inceleme yazıyla Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Şafak Ural'dan “Bilgi, Bilim ve İslam” kitabına editörlük yapıp yapmadığını ve kitaptaki “İlmin menşei Allah'tır” ve “Periyodik cetvelin Ebced hesabına göre yeniden adlandırılması” ifadeleriyle ilgili açıklama istedi
Yazıda kitabın editoryal kadrosunun Fethullah Gülen cematiyle bağlantısının da altı çizildi. İddiaların asılsız olduğunu belirten Prof. Ural, şunları söyledi: “Temmuz 2006'da YÖK'ten gelen yazıda bu incelemeye imzasız bir ihbar metbunun neden olduğu yazıyordu. 5 Eylül 2006'da YÖK'e cevabımızı yazdık. Eğer bu yazı yetersiz olsaydı geçen 5 ayda hakkımda soruşturma başlatılırdı. Kitaba editörlük yapmadım. 1984 yılında yaptığım konuşmanın kitap haline getirildiğini geçen yıl öğrendim. YÖK'ten inceleme yazısı gelince kitabı alıp okudum. Zaten 23 yıl önce Fethullahçılık kavramı yoktu.”