Şimşek hakkında, Tekirdağ Cumhuriyet Savcısı Emrah Yıldırım tarafından, "Örgüte yardım etme suçu" iddiası ve 15 yıla kadar hapis cezası istemiyle iddianame hazırlanan iddianame, Tekirdağ 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından geçen yıl Kasım ayında kabul edilmişti.
Mahkeme, Şimşek'in yargılamasına 11 Nisan Perşembe günü yapılmasına karar verdi.
-Adli kontrol şartıyla salınmıştı
Rektör Şimşek, 22 Haziran 2017 tarihinde FETÖ'nün üniversite yapılanmasına yönelik yürütülen soruşturma kapsamında, Tekirdağ Emniyet Müdürlüğü Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele Şube ekiplerince gözaltına alınmış ve adliyeye sevk edildikten sonra çıkarıldığı mahkemece adli kontrol şartıyla serbest bırakılmıştı.