CNN Türk'ün haberine göre bu süreçte askerin de önemli rol oynadığı ortaya çıktı. Habere göre Genelkurmay Başkanı Orgeneral Necdet Özel iki önemli dosyayı önce Başbakan Erdoğan ile son olarak da Adalet Bakanı Sadullah Ergin ile yaptığı görüşmelerde gündeme getirdi. Uludere ve Kazan vadisi dosyaları.
Orgeneral Necdet Özel'in elinde savcılar tarafından hazırlanmış iki önemli müzekkere vardı. İlki Kazan Vadisi'nde askerin yaptığı operasyona ilişkindi.görev yeri Çukurca olan cumhuriyet savcısı, Genelkurmay Başkanlığı'nın elinde kimyasal silah olup olmadığını soruyordu. Üstelik öldürülen PKK'lıların otopsilerinde kimyasal silah izine rastlanılmadığı halde. İkinci müzekkere yazısı ise Uludere olayına ilişkindi. İki yıllık kıdemi bulunan bir başka genç savcı, ‘'Hava bombardımanı talimatının kimden geldiğini'' soruyordu. Bu yanıtın acele olarak verilmesi abartılı bir şekilde vurgulanmıştı. Yazının altında da usul olmamasına rağmen müzekkerinin sabah 04.00'te hazırlandığı belirtiliyordu. Bu iki müzekkere yazısından rahatsız olan Genelkurmay Başkanı Orgeneral Özel iki belgeyi de Başbakan Erdoğan'a ve Adalet Bakanı Sadullah Ergin'e gösterdi. Ve askerin soruşturulmasının da Başbakan'ın iznine bağlanması talebini iletti.
Askerden gelen bu şikayetin, özel yetkili mahkemelerin Başbakan'ın talimatıyla 3. yargı paketine girmesinde etkili olduğu belirtiliyor.