Yüksek mahkemenin çok hızlı bir şekilde görüşüp, karar verdiği hüküm ise, 3359 sayılı Kanunda yapılan değişiliktir. 5413 sayılı Kanun ile 3359 sayılı Kanunun
ek birinci maddesine şu hüküm eklenmişti.
"Sağlık Bakanlığı eğitim ve araştırma hastanelerinde klinik şefi ve klinik şef yardımcılığı kadrolarına; ilgili dalda uzman olan profesör veya doçentler ile ilgili dal tabipleri arasından Bakanlık
tarafından atama yapılır. Ancak, profesör veya doçent unvanına sahip olmayan uzman tabiplerin klinik şefi ve klinik şef yardımcılığı kadrolarına atanmalarında, yapılan sınavlarda başarılı olma şartı
aranır. Sınavların usul ve esasları, Bakanlık tarafından hazırlanan ve bu Kanunun yayımı tarihinden itibaren altı ay içerisinde yürürlüğe konulan yönetmelikle belirlenir."
Yüksek Mahkeme, Sağlık Bakanlığına klinik şefi ve klinik şef yardımcısı atama yetkisi veren bu ilgili hükümler hakkında istenen yürütmeyi durdurma kararını kabul etmiştir. Ancak, Anayasa Mahkemesi kararları geriye yürümediği için 2 kasım 2005 tarihinden kararın Resmi Gazetede yayımladığı güne kadar (17/12/2005) yapılan atamalar geçerli olacaktır. Karar bugünden itibaren yani 17 Aralık 2005 tarihinden itibaren bir hüküm ifade edecek olup, bu tarihten sonra bu maddeye dayanılarak atama yapılmayacaktır.
Diğer taraftan yüksek mahkeme Türkiye Büyük Millet Meclisi Üyeleri Haluk KOÇ ve Kemal ANADOL ile 112 milletvekili tarafından açılan davada istenen iki madde hakkında ise yürürlüğü durdurma istemini reddetmiştir.
Yürürlüğü durdurma istenen ancak reddedilen maddeler şunlardır
"Sözleşmeli personel, istihdam edildiği hizmet biriminde gereği halinde başhekim, başhekim yardımcısı ve başhemşire olarak görevlendirilebilir."
"... hizmet sözleşmesinde belirtilen koşullara uymaması nedeniyle sicil veya disiplin amirleri tarafından yazılı olarak ikaz edilenlerden söz konusu koşullara uymama halinin tekerrürü durumu ile..."
Bu maddeler hakkında yürürlüğü durdurma istemi reddedilmiş olup, hükümler hakkında esastan karar verilmemiştir.
Yine de maddelerin yürürlüğü durdurulmadığı için,
1- Sözleşmeli personel, istihdam edildiği hizmet biriminde gereği halinde başhekim, başhekim yardımcısı ve başhemşire olarak görevlendirilebilecektir.
2- Bakanlık, Hizmet sözleşmesinde belirtilen koşullara uymaması nedeniyle sicil veya disiplin amirleri tarafından yazılı olarak ikaz edilenlerden söz konusu koşullara uymama halinin tekerrürü durumu halinde sözleşmeli personelin sözleşmesini bir ay önceden yazılı ihbarda bulunmak şartıyla feshedebilecektir.